是否以审计结论作为结算依据，应当根据合同约定

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《最高人民法院关于人民法院在审理专建设工程施工合同属纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题的答复》规定，财政部门对财政投资的评定审核是国家对建设单位基本建设资金的监督管理，不影响建设单位与承建单位的合同效力及履行。但是，建设合同中明确约定以财政投资的审核结论作为结算依据的，审核结论应当作为结算的依据。
虽然政府投资项目需要接受审计监督，但其仅为一种行政监督管理行为。政府投资的项目工程，价款结算是否要以财政评审结论为结算依据，法律上并无统一规定，而应以双方签订的合同约定为准。合同中明确约定以审计结论作为结算依据的，则以审计结论为工程价款结算依据；合同中未明确约定以审计结论作为结算依据的，则不以审计结论结算工程价款，双方按照合同中的价款结算原则与方法进行结算。